新西历1999年，于日本境内大南地区，一处名为传输研究中心的机构——拥有专属Enetron能量储存槽的新型研究所——在圣诞节的晚上，研究所主系统无预警地被来历不明的程式病毒入侵和感染。此程式病毒在获取庞大的数据资料后，衍生出了自我意识，并且演变成最糟糕的情况——生命体Messiah的出现。
情况紧迫之下，研究所所长（弘的父亲）作出了重大的抉择。为了避免Messiah现象（感染病毒后电脑程式的成长、扩散）借由互联网扩散，蔓延到全世界，决定使用物质传输装置将整栋建筑物转移到亚空间，并嘱托部下黑木猛（后为特命部的司令官）要将病毒程式shut down。然而，虽然能暂时的渡过危机，但Messiah现象总有一天会从亚空间穿梭回来。同时，困在研究室里的人员（弘和阳子的父母亲也在其中）也因此生死未卜。（第四集中司令官说亚空间里不可能有幸存者了）
所长想解救身在研究所里的弘（7岁）、龙司（5岁）和阳子（3岁）。他为避免他们遭受波及，在这三个孩子以及三台工程机器人体内植入能抵抗病毒（meta-virus）的疫苗程式，在研究所将被转移到亚空间前的千钧一发之际将其送出研究所外。由于疫苗程式的关系，三个孩子熬过普通人无法负荷的物质传送过程，同时得到了特殊的超力量，背负着长大后必须成为Go-Busters的特殊任务，却也同时背负着如同电脑般麻烦的副作用与弱点。
13年后的新西历2012年，Enetron已经成为人类日常生活中的必备能源。可是，当年那个被转移到亚空间的电脑病毒却又再次回到了这个世界。任命前往克服这个危机的，便是13年前的事件后得到了特殊力量的当时3名少年，和得到了自我意识的3台原本用于辅助工作的机器人“Buddyroid”。他们就是接受了“守护人们”的这个“特命”而战的战士——“特命战队GoBusters”。
口号为“Busters，Ready Go！”
