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偵探科二年級的遠山金次擁有某種神祕體質,在「某種契機下」會讓大腦細胞活性化,這一點他始終對眾人保密,只求能過平凡的校園生活。某天在上學途中他被捲入一起炸彈攻擊,因而和強襲科的超菁英──神崎‧H‧亞莉亞相遇。然後,S級的最強武偵亞莉亞,與(平常是)普通人的金次,將組成搭檔迎戰凶惡罪犯!?金次平凡的日常生活逐漸遠離而去……