《鹿鼎记》主人公韦小宝是扬州妓女韦春花之子，在妓院长大，从小听书听戏，十分羡慕戏文中的英雄好汉。为了做英雄，他凭一时之勇搭救了一个落难的江湖好汉茅十八。茅十八为了感激韦小宝援手，更因他纠缠不休，将他带到了京城。
在京城，韦小宝被一老一小两个太监劫入皇宫，他施展诡计将老太监海大富弄瞎，又将小太监小桂子害死，从此他便冒充小桂子在宫中做假太监。一日韦小宝赌博归来遇到一个自称小玄子的华服少年在练武，便与他交上了手。这少年正是康熙帝玄烨。
顾命大臣鳌拜武艺高强、功高震主，为少年康熙所忌，为除掉鳌拜，康熙巧设计谋，让韦小宝率一群小太监以戏耍角力为名将鳌拜擒杀。韦小宝智杀奸相鳌拜，大清皇帝固然龙颜大悦，反清帮会组织天地会也对他青眼相加，于是13岁的韦小宝于一日之间竟成了天地会总舵主陈近南的关门弟子和地位甚高的天地会青木堂香主。
韦小宝奉陈近南之命回宫卧底。一次他撞破了与邪恶帮会神龙教勾结的皇太后的隐秘，并从她口中得到了康熙之父顺治在五台山出家的消息，为防皇太后对小玄子不利，他将此事连同自己是冒牌太监一事告诉康熙。康熙闻听父亲尚在人间，又惊又喜，立即派遣韦小宝到五台山寻访。韦小宝因缘际会在庄家邂逅了生命中的红颜知己双儿，此后两人一同前往五台山清凉寺寻访到了老皇爷顺治，但却在回返途中被神龙教劫往辽东蛇岛。在蛇岛韦小宝乘神龙教内讧之际，施展拍马溜须绝技骗得了教主洪安通的信任，并当上了在教中职位甚高的白龙使。
韦小宝返回京城，向康熙报告了顺治出家一事，本望皇上重赏，谁知康熙在夸赞一番后竟命他赴少林寺出家，朝夕之间十几岁的韦小宝竟成了与年过八旬的少林寺方丈同辈的“晦明禅师”。“高僧”韦小宝在寺中穷极无聊，便要生事。他纵酒狎妓，屡犯戒律，把一个千年古刹、佛门静地搞得乌烟瘴气，乱七八糟。
平西王吴三桂在云南苦心经营，势力渐大，康熙决定武力撤藩。起兵之前，为了麻痹吴三桂，康熙决定将其妹建宁公主嫁与吴三桂之子吴应熊，正好韦小宝“出家”期满，康熙便命他作了“赐婚使”。韦小宝率人护送建宁公主入滇，两人本就相识，未到云南就发生私通。在昆明，正与韦小宝打得火热的建宁公主不肯与吴应熊成婚，蛮性发作之际竟将吴应熊阉割。韦小宝见事变猝起，只得将吴应熊挟持，与建宁公主绕湖广返回京城。
不久韦小宝又奉命去攻打与吴三桂和罗刹国勾结的神龙教，他率水陆大军浩浩荡荡地杀向辽东，但未到蛇岛，自己这位统兵大将就成了洪安通的俘虏。韦小宝身临险境，不得已故伎重演，企图一顿马屁骗过洪安通，却被关押起来，幸好双儿相救，趁机逃出神龙教。洪安通发觉后当即领人追杀韦小宝。韦小宝和双儿慌不择路，一路向北来到鹿鼎山，误入了罗刹国军营，韦小宝害怕潜伏于营外的神龙教，便施展伶牙俐齿将正在这里巡视的罗刹国公主苏菲亚骗倒，随她一同去了罗刹国。
苏菲亚返回莫斯科，正赶上罗刹沙皇病死。韦小宝最善浑水摸鱼，便凭着从戏文中学得的“安邦定国”计谋，帮助苏菲亚发动了一次成功政变。苏菲亚当上了摄政女王，韦小宝则因策划有功被封为远东伯爵。他心念故国，不久即借故带着罗刹使臣回到京城，清朝与罗刹使臣签订了和约而消除了罗刹国这一腹背之患，韦小宝则因议和有功被康熙降旨封为一等忠勇伯。
吴三桂谋反在即，为了稳定天下，安抚民心，康熙命韦小宝赴扬州为史可法修建忠烈祠。韦小宝衣锦还乡，在扬州府衙宣读完圣旨，随即一人悄悄溜到丽春院去探望母亲，没想到在妓院却陷入了江湖人士的包围。他略施小计，以迷药将一干人迷倒，并将六位美貌女子——洪教主夫人苏荃、沐王府的沐剑屏、方怡、陈圆圆的女儿阿珂、王屋派的曾柔以及自己的双儿一网打尽，收为己有。韦小宝香艳难舍之际，吴三桂已在云南起兵反叛，韦小宝被迫从扬州返回京城。
江湖奇人神拳无敌归辛树夫妇因误杀天地会主脑吴六奇，抱憾不已，为此他们与天地会群雄商议，决定舍身入宫行刺康熙。韦小宝不忍见小玄子遇难，设计掩护。归辛树行刺不成，却将天地会行止和韦小宝身份暴露，康熙以重兵将天地会首脑聚集的韦小宝爵府包围，并命韦小宝戴罪立功，亲自回府捉拿天地会群雄，韦小宝不忍加害师父陈近南和天地会兄弟，将他们尽数救出，自己则畏罪潜逃出京。
韦小宝逃到距蛇岛不远的“通吃岛”，跟双儿等七个老婆一住数年。康熙顾念与韦小宝的少年友情，不仅没再派兵追杀，反而予以优惠照顾。
罗刹国向东方的侵略渗透早已引起康熙的注意，平定西南、收复台湾的胜利使他坚定了向罗刹用兵、收复失地的决心。韦小宝去过莫斯科，粗通罗刹语言，又与罗刹摄政女王有露水姻缘，康熙便将他召回京城，册封他为鹿鼎公、抚远大将军，命他率兵向罗刹人作战。韦小宝见“小玄子”不再拿天地会一事与自己为难，欣然领命，携双儿前往鹿鼎山，按照康熙的既定战略一路杀去，连连得手，最后“尿射鹿鼎山”，一举将罗刹军队击败，迫使罗刹使臣坐在谈判桌前签定了和约，取得了军事和外交双重胜利。
韦小宝凯旋后，封妻荫子，权势与荣华达到顶峰，但不久麻烦又起，康熙命他去剿灭反清的天地会，天地会众弟兄要他继承师父陈近南的遗志，担任总舵主，继续与满清作对为敌，韦小宝眼见忠义难以两全，只有弃官而逃。他打着回乡探母名义，领着七个老婆回到扬州，与母亲韦春花会合，隐姓埋名，择地而居。
康熙见韦小宝久不回京，着即派人四处查找，又亲自六下江南寻访。但终是石沉大海，杳无音信，自此世上不复有奇人韦小宝矣。
