少林寺觉远禅师看护《楞伽经》不力，导致经书被尹克西和潇湘子盗走。潇湘子和尹克西互相猜忌残杀，临终之前幡然醒悟，委托何足道向觉远转达经书的下落。何足道接受委托，并向少林寺发出挑战。适逢郭靖、黄蓉的女儿郭襄前往少林寺寻找杨过，从罗汉掌首座无色禅师处得知何足道挑战少林武功的消息，遂在约定日子只身前往观战。觉远禅师的弟子张君宝在与何足道一战之中暴露了偷学武功的事实，犯了寺规，受到少林寺众僧的围攻。于是觉远携张君宝、郭襄突出重围，却在途中圆寂。张君宝与郭襄分手之后，只身前往武当山修学觉远生前传授的九阳真经，并深得道家冲虚圆通之功的精髓，加以融会贯通，创出了武当一派武功，遂自号三丰。
元顺帝至元二年，武当派张三丰的三弟子俞岱岩路过浙东。江湖相传郭靖、黄蓉铸成倚天剑与屠龙刀，能得此刀与剑者即可号令江湖，一场武林浩劫随之展开。俞岱岩路遇一群江湖人物为争夺屠龙刀互相残杀，无意中得到宝刀，欲将此事禀知张三丰，却不料遭到天鹰教的暗算。天鹰教教主白眉鹰王殷天正之女殷素素委托龙门镖局都大锦，将受伤的俞岱岩送往武当山。俞岱岩半途被劫，身受重伤，为了查明真相，张三丰分遣诸徒前往少林寺等处探寻。五弟子张翠山前往杭州，发现龙门镖局惨遭灭门，保护镖局的少林弟子认定是张翠山所为，接连陷害，武当与少林结怨颇深。张翠山竭力查明真相，却原来是殷素素所为，意在挑起武当、少林两派纷争。张翠山虽不满殷素素滥杀无辜的举动，但两人朝夕相处也渐生爱意。天鹰教邀请海沙派、巨鲸帮等在王盘山岛宣扬威风，不料金毛狮王谢逊闯入，夺了屠龙刀，血洗王盘山岛。张翠山和殷素素被谢逊胁迫，流困北极冰火岛，生下了张无忌，并认谢逊为义父。
张无忌过了几年与世隔绝的生活，每日跟随谢逊修习武功，九岁时随父母回归中土。江湖人士为抢夺屠龙宝刀，寻找谢逊、殷素素和张翠山的下落，已与天鹰教交战十年。张无忌一家三口，因为包庇谢逊之事，厄运接踵而至。武林各派在张三丰大寿时齐聚武当山兴师问罪，张翠山和殷素素因不愿说出谢逊下落，又因俞岱岩受伤和龙门镖局灭门这场宿怨无法化解，遂双双自刎身亡。混乱中张无忌身受玄冥神掌之伤，寒毒深入腑脏，两年之间各种医治无效。张三丰为救张无忌性命，不惜自贱身份向少林寺求救，被折辱一番拒绝。两人下了少林寺，沿途救了被蒙古兵追杀的常遇春和周芷若。常遇春推荐医术通神的蝴蝶谷医仙胡青牛为张无忌疗伤，不料胡青牛拒绝医治非明教中人，且为躲避祸事逃走。峨眉派掌门人灭绝师太现身蝴蝶谷，江湖人士才得知倚天剑原来在峨眉派的手中。灭绝师太迁怒弟子纪晓芙跟明教杨逍私通，不肯诱杀杨逍，遂掌毙纪晓芙。张无忌护送杨逍和纪晓芙的女儿杨不悔远赴昆仑山寻父，一路上历尽艰险，见证了胡青牛夫妻的惨死和人世的险恶，也结识了朱元璋、徐达、汤和等豪杰。先前，张无忌曾救治过的许多武林人恩将仇报，张无忌几番以身相代，终于保得年幼无知的杨不悔回到了父亲身边。与杨不悔分别后，张无忌在朱武连环庄轻信了道貌岸然的朱长龄和武烈，险些被骗泄露了谢逊的藏身之处。张无忌脱困逃脱之时，跌入万丈深渊，不料想因祸得福，进入了一个群山环抱的洞天福地，宛然一处世外桃源。张无忌本打算在此安度余生，不料无意中得到了久已失传的《九阳真经》，正是尹克西和潇湘子盗走的写在《楞伽经》上的武功秘笈。抱着打发无聊岁月的念头，张无忌在五年中即练成了这项神功，而体内的寒毒也不知不觉地被驱除殆尽。
二十岁的张无忌重入江湖，思念义父心切，一心一意只想去冰火岛与义父团聚，但终究身不由己。在两域火并中，他身受峨眉掌门灭绝师太三记重手，以重伤之躯救了明教一群教徒。后来六大门派同剿光明顶明教总舵，张无忌终于知晓，武林的这场恩怨都是由与明教前任教主阳顶天的夫人有私情的成昆挑拨而起。张无忌为了化解这场误会，出手协助明教与各派高手相抗，九死一生，被明教上下盛情推举坐了教主的高位。蒙古天下兵马大元帅汝阳王的郡主赵敏为了控制武林，嫁祸明教，俘获了六大门派的高手，重创少林寺，空闻、空性等高僧或遭俘虏，或遭屠戮，峨眉派灭绝师太也被赵敏俘获，倚天剑回到赵敏手中。武当派危在旦夕，张无忌潜入武当山，击败赵敏及其帮凶，查明二十年前俞岱岩受大力金刚指所伤残废，乃出走两域的少林寺火工头陀的传人阿三等所为，当年用玄冥神掌击伤自己的也是赵敏手下玄冥二老中的鹤笔翁。明教一干人设法搭救被俘的六大门派武林高手，张无忌报了宿仇，也发现了义父谢逊离开冰火岛重回中原。金花婆婆欲谋害谢逊，抢夺屠龙刀，张无忌暗中保护，果断出击，发现谢逊和金花婆婆（黛绮丝）都是明教中的四大护教法王之一的金毛狮王和紫衫龙王。张无忌、谢逊、赵敏等通力合作，抵抗明教波斯总教的进攻，化解了一场危机。却不料张无忌又中了丐帮陈友谅和武当弟子宋青书的陷阱，背上杀害师叔的罪名。张无忌历尽艰辛，备受误解，化解恩仇，最终也查明了丐帮史火龙之死乃是成昆、陈友谅师徒所为，连谢逊最终也落入了成昆之手。
赵敏为了爱情，离开王府，追随张无忌，奋力营救谢逊。在武林人士的见证下，谢逊废了成昆的武功，戳瞎成昆的双眼，终于揭穿了其真面目。谢逊报仇之后，出家为僧。张无忌统领明教，击败了元军的进攻，不料等到明教将要打下江山时，又一次遭人算计，明教大将朱元璋设下阴毒陷阱，离间张无忌与徐达、常遇春的关系，令张无忌彻底心灰意冷，主动辞去了明教教主的职位。自此张无忌对江湖生涯再无半分留恋，决心与赵敏远赴蒙古。
