清乾隆年间，红花会一直以反清复明为己任，众人欲参加新舵主陈家洛接任的“千里接龙头”仪式，不料四当家文泰来与其妻骆冰因获知朝廷一件秘密，被清廷张召重、童兆和与以万庆澜为首的爪牙困在客栈。张召重原是武当门人，却甘心做朝廷鹰犬。隐身在提督李可秀府中的教书先生武当弟子陆菲青与徒弟李沅芷正好路过，眼见师弟为非作歹，与红花会十四当家余鱼同一起协助救出两人，并将他们推荐到铁胆庄周仲英处躲避，陆菲青师徒则赶回安西向红花会报信。清军闻讯赶到的时候，周仲英正好不在府中，周府十几岁的小少爷周英杰被张召重诱骗。无意中说出几人的藏身之处，致使文泰来被抓，骆冰则被余鱼同护送逃出。周仲英回到府中，闻知此事，气恼之下失手打死独子，周夫人负气出走。

余鱼同带着骆冰逃出后，无意中透露了自己对她的情意，被骆冰斥责后更是觉得羞愧，因此两人分开而行。身受重伤而昏迷的骆冰又正好被周家大小姐周绮遇见，再次救到府中，苏醒之后看到来要挟的童兆和，不明就里之下更是怀疑周仲英勾结清兵，出卖自己的丈夫，双方正在争执中，前来救援的红花会成员赶到。闻知文泰来在周府被捕，加上童兆和等从中挑拨，两伙人在气头中发生误会，并且大打出手。余鱼同带着陈家洛赶来，了解事情的来龙去脉，众人冰释前嫌。

周仲英和其女周绮伙同红花会众英雄一起救援文泰来。陈家洛将众人分成五拨开展行动，陆菲青与徒弟李沅芷也赶来帮忙。众人在路上发现清兵的行踪，却没料到张召重施金蝉脱壳之计偷偷押走了文泰来，众人虽没救回文泰来，却顺势帮助了回人。原来，清廷抢走回族圣物《可兰经》，族长之女“翠羽黄衫”霍青桐带领族人反抗，在红花会的帮助下夺回圣经。陈家洛与霍青桐在相处中互生好感。却因看到女扮男装的李沅芷与霍青桐欢笑戏闹，产生误会。霍青桐留下一把藏有秘密的宝剑后，无奈离去。众人继续寻找文泰来，追至黄河边与张召重大战，快要救出文泰来的时候却被赶来的清铁甲军冲散。被冲散的众英雄分成几拨，一方面周绮与红花会七当家武诸葛徐天宏聚在一起，两人危难之中互相扶持，路上又巧遇离家出走的周夫人，几人依着记号寻到开封，在汴梁豪杰梅良鸣家中遇见了群雄，只是少了余鱼同，探听的人只打听到他和女扮男装的李沅芷在一起。

周夫人虽然跟随女儿来到了开封，但是却不肯原谅周仲英，徐天宏用妙计消除了两人的误会。而周绮与徐天宏因为一路相伴产生真情，在周仲英、陈家洛的主持下，也订下终身。此时，黄河水灾泛滥，为了解救当地百姓，众人在徐天宏指挥下抢劫了官方的军粮发放给灾民。开封事结束之后，众人在途中发现余鱼同留的记号，通知文泰来被押往杭州。除了余鱼同外，红花会成员在杭州聚集，准备实行攻打巡抚衙门、营救文泰来的具体行动。在营救活动的前夕，陈家洛带着书童心砚趁机游览西湖，在湖上遇到化名东方耳的乾隆，两人大有相见恨晚之意，两人虽然都用言语试探半天，仍不知对方是何等人物。夜里，红花会成员夜探巡抚衙门得知东方耳的真实身份，双方比武中以无尘道长为首的红花会成员大败皇宫侍卫，乾隆虽然手拥重兵，但看到红花会在江南的巨大势力，竟不敢下令攻击，双方妥协各自离去。

陈家洛原是海宁陈阁老之子，因次日便是生母徐氏的生辰，所以离开巡抚衙门后便回到老家祭扫父母之坟，却意外遇见在这里偷偷扫墓的乾隆。两人交谈很是亲切，一方面乾隆劝他奔赴官场为朝廷效力，另一方面陈家洛也要求官府放了文泰来，无奈两人因立场不同各自离开，约定互不侵犯。临走之时，乾隆赠送一块玉佩给他作为礼物。回到杭州后，红花会成员攻打提督府，陈家洛、无尘、赵半山、周仲英合力逼走张召重，怎奈囚室机关重重，第二次相救也告失败，文泰来被李克秀带走。

此时。正好回族送来一对玉瓶作为贡品向朝廷求和，瓶上绘着一个美人，美艳无比，就是回族的香香公主。镇远镖局王维扬负责将此瓶押往清廷。红花会假扮官差劫夺玉瓶、扣压王维扬和李克秀的小妾作为和文泰来相见的条件。陈家洛见到文泰来之后，了解到乾隆之所以要杀死文泰来，是因为他得知了乾隆乃是陈阁老的儿子，也就是自己的亲哥哥，物证就在自己的师父天池怪侠那里。陈家洛欲借这次探监以瞒天过海之计营救文泰来，被李沅芷撞破，营救再次失败。徐天宏又巧用离间计，令王维扬和张召重反目成仇。趁着两人比武争斗，群雄一并擒住张召重，武当掌门马真和师弟陆菲青赶来求情，张召重被带往武当看管。强敌被带走后，众人再次攻打提督府，李可秀及御前侍卫欲用炸药将众人一网打尽。危急时刻，消失很长时间的金笛秀才余鱼同出现。原来，自从黄河边失散后，余鱼同被李沅芷救走，得她精心照料并安顿在李府中。余鱼同以身体挡住火药线救出文泰来及众人，自己却被毁容，昏迷后被红花会众人带走。乾隆从御前侍卫处得知红花会劫牢将文泰来救去，身世之谜泄露，惊怒交集却又没有办法。第二日乾隆在湖边散心，于“花船点状元”活动中受暗算，被名妓玉如意诱往家中，被红花会众人困在六和塔。此时，因为清廷不守承诺，一直攻打回族，霍青桐师父天山双鹰夫妻闻讯来此欲刺杀乾隆，解救回民之困。陈家洛以大局为重，劝阻两人放弃杀害乾隆的念头。在陈家洛的威逼利诱和情感攻势之下，乾隆最终盟誓与众人一同订下驱清复明的大计。

天山双鹰料理完这里的事情匆匆离去，临走之前将霍青桐的情意暗示给陈家洛。红花会大获全胜之后，为徐天宏、周绮举行婚礼，婚礼上李沅芷来寻找余鱼同，并誓约千里追寻，奈何余鱼同暗恋四嫂骆冰，毁容之后更是陷于情海困扰之中。为了躲避李沅芷，他悄悄离开众人，于宝相寺出家为僧，并留下音讯，霍青桐因为抢夺《可兰经》得罪了关东三魔，现在这几人正在找她寻仇。

红花会得知此消息后。由徐天宏等负责拦截三魔，由陈家洛赶往回族报信。陈在路上遇到霍青桐之妹香香公主，并与她在相处过程中互生爱意。回到部落之时，正遇到清廷大将兆惠奉命来攻打回部，陈家洛力退清朝使者，香香公主表示愿意出使清朝、送上和谈信。陈家洛不放心香香公主独自去，于是约定陪伴在她身旁，不料两人却在清军大营里遇到了张召重，被当做引诱回军的诱饵困在沙漠当中。原来张召重被马真带走以后，不但不思悔改，反而以卑鄙手段害死掌门师兄，继续返回清朝效力。余鱼同得知师父被害，和陆菲青及红花会众人寻到这里为马真报仇，救得陈家洛两人，而此时，余鱼同也被李沅芷的生死相随所感动，有情人终于成为眷属。

在陈家洛和香香公主被困的时候，霍青桐因为识破敌人阴谋，所以反对出兵营救，遭到族人的误解，加之意中人属意于亲妹妹，心灰意冷之下独自出走，途中正好遇到关东三魔．幸得师父天山双鹰赶到才为她解围。而陈家洛被救出后，得知李沅芷是女扮男装，因觉辜负霍青桐的一番心意，和香香公主一起来寻，没有找到霍青桐，却在半路上遇见了关东三魔、张召重，几人被狼群困住。在突围狼群时，陈家洛解开霍青桐所赠宝剑的秘密，从古洞中学得一套奇高的武功，最终将张召重抛入狼群。

陈家洛从师父处取得有关乾隆身世的秘证，和红花会众人上京与乾隆商讨反清之事。此时，回部被攻陷，除霍青桐逃走外，族人皆被杀害俘虏。乾隆因从贡品中看到香香公主的画像，特意找到她，欲占为己有。陈家洛为了天下大事劝服香香顺从乾隆。不料乾隆背信弃义，想要谋害红花会众人，香香公主得知后自杀示警，众英雄大开杀戒。天山双鹰与红花会章进身亡。最后捉住乾隆。霍青桐欲杀乾隆为众人报仇时，却被安徽巡抚方有德拿周绮之子作威胁，众人被迫放弃杀乾隆之念，活捉乾隆之私生子福康安出宫，迫使乾隆不与红花会为难。陈家洛悼亡了香香公主之坟后，与红花会众英雄前往西疆栖身。