明万历四十三年凉秋，云贵总督卓仲廉卸任归故乡陕北，途经川陕边境时被劫富济贫的绿林女大盗“玉罗刹”练霓裳劫去财物。随行护送的武当弟子耿绍南，因傲慢不逊被削去左手二指，以示惩戒，练霓裳自此与武当派结怨。此后不久，朝廷发生了“杖击案”，卓仲廉之子户部侍郎卓继贤被人诬陷入狱致死。卓仲廉之孙，武当派紫阳道长之高徒卓一航闯王府，揭穿了福王和郑贵妃之阴谋，为父平反，并深受太子常洛之赏识。之后卓一航携父灵自京回乡，途经华山，卓一航结识了一位相貌出众的少女，两人彼此间有着深深的好感。不料第二天晚上，卓一航参与宫廷卫士围攻玉罗刹一役中，却发觉日间相识的少女竟是玉罗刹，卓一航大为震惊，两人不得不拨剑相向。在决战中，卓一航明白主持围攻玉罗刹的宫廷卫士竟是满人奸细，二人联手打败了一众敌人。旋又结识了武林高手，辽东经略使熊廷弼麾下将官岳鸣珂，练霓裳与之比剑，方知原是同门。练霓裳的师傅凌慕华和岳鸣珂的师父霍天都本是一对赌气分手的恩爱夫妻。卓一航、岳鸣珂二人从凌慕华的遗书中得知练霓裳自出生后，母死父弃，母狼乳大，三四岁才得其师收养，个性强悍而单纯。卓一航归家不久，祖父卓仲廉因经受不了丧子之痛而身亡，不久卓一航也被人陷害而坐牢，练霓裳闻讯后前来相救。劫狱后练霓裳遭遇武林大豪铁飞龙，两人误斗一场而后练认其为义父。武当掌门紫阳道长逝世，遗命卓一航为继任掌门，一众武当同门在铁飞龙家中与练相遇，练霓裳再败卓的师叔红云道长，双方梁子越来越深。卓一航陷入苦恼之中，推托要守孝申冤，缓任三年。安葬师父之后，卓一航与师叔白石道长一同北上申冤。遇岳鸣珂于河南嵩山，两人引为知交。

岳鸣珂应熊廷弼之命自陕赴京，途中与黑道高手“阴风毒砂掌”金独异遭遇，一场恶斗，岳中毒受伤，幸得铁飞龙之女铁珊瑚相救，两人心中滋生柔情，同赴北京。进京后适逢即位不久的光宗朱常洛误食“红丸”而驾崩。熹宗朱由校即位，太监魏忠贤和由校乳娘客氏挟天子以令群臣。熊廷弼甫抵京就被矫旨捉拿并屡遇险情，幸得岳鸣珂、卓一航、练霓裳、铁飞龙等相救才得以脱险。而这时金独异之妻红花鬼母出山约战铁飞龙，练霓裳凭机智、武功击败了红花鬼母，金独异也再次受到重伤。熊廷弼辞官与岳鸣珂、卓一航及其师叔白石道长离京回湖北，练霓裳与铁飞龙随后赶到嵩山相遇。白石和红云道长阻止练与卓一航会面，双方狠斗一场，白石道长等再次败退，双方积怨更深。卓一航回家守孝，练霓裳闻知朝廷大军到陕西剿匪，急急赶回。途中遇闯王李自成，获知自己的山寨已被官军攻破，余部逃入四川。旋即入川聚集旧部，与铁珊瑚一道在广元明月峡再立山头。此后，朝廷重新启用熊廷弼任辽东经略使，但实权旁落，部下不听指挥而轻敌冒进，导致全军覆没。魏忠贤借机杀死了熊廷弼，派锦衣卫缉拿岳鸣珂，岳鸣珂只身逃往四川，在广元遇到卓一航、练霓裳相救而脱险。

卓一航守孝三年期满，其师叔红云、白石道长率众弟子入陕迎接新任掌门。途经广元，玉罗刹将卓一航“劫”至明月峡山寨，并表明了心迹，要与卓一航合籍双修，同研武功。卓一航碍于师门偏见，一时不敢答应。气量狭窄的白石、红云道长，为找回卓一航并报复玉罗刹，与官兵联手攻破明月峡，纵火焚毁山寨。寨中女兵几乎全部战死，铁珊瑚也死在金独异之手。岳鸣珂杀死金独异之后远走天山，出家为僧，法名晦明禅师，精研武功，成为开创天山派一代宗师。练霓裳与铁飞龙再度赴京，将岳鸣珂冒死带出的熊廷弼兵书《辽东论》转送给边关大将袁崇焕。卓一航托人捎信给练霓裳，极表爱恋之意，练霓裳遂离京南下武当山。

卓一航自明月峡回山后，对练霓裳念念不忘，如痴如傻，除了练武之外，百事不问。空担掌门之职，诸事都由众师叔办理，忧心忡忡的师叔们将这一切归罪于练对卓的诱惑，将她认为本门公敌。练霓裳上得武当，双方一番倾诉，卓一航终于决定放下一切随练而去。但这时卓的四位师叔联手布成剑阵围攻练霓裳，一场恶斗，杀得天昏地暗。武当四大长老均负伤，而危急关头，卓一航面对爱人和师门之争难以自处，受人怂恿而发弹助战，练霓裳为此伤心欲绝，爱恨交织，一觉睡醒，头发全白。她对自己的绝世容颜极为爱惜自豪，谁知一夜之间，竟从美貌少女变成白发老妇，心灰意冷难受至极，从此退出中原武林，远走天山南峰，但其喜欢找人比武的个性未改，隐居之余，也下山为民除害，开找成名人物比武，将其打败，从此人称白发魔女。

而练霓裳走后，卓一航如疯似狂，形同白痴。一日突被人点醒，心中的忧郁犹如火山喷发，他终于不顾一切地冲下武当山，追寻练霓裳的踪迹。一番辛苦，直至晦明禅师隐居的天山北高峰，他终于得知了练隐居于天山南高峰，即冒雪前往寻访。然练已心灰意冷，不肯谅解和好。卓一航失望而归，自此在天山南北、草原沙漠中漫游行侠，收下徒弟辛龙子。从辛龙子口中，卓一航终寻得传说中能使白发变黑的优昙仙花，却因该花已开过，尚需六十年的守候，卓决意守候至仙花开放之日。

武当白石道人携女儿何绿华远赴新疆寻卓一航回山，沙漠遇敌，白石被擒。卓一航路过救下何绿华，自己也中毒受伤。正在何绿华为卓一航疗伤之时，练霓裳寻到，误会卓一航正与聪明活泼的小师妹相好，醋意大发，气极而去。卓一航无奈，单身闯敌巢营救师叔，却因敌方高手如云，卓一航遭遇风险。练终不忍见卓一航孤身送死，以绝顶武功救卓一航及白石道长脱险。卓一航再次表明心迹，但练霓裳心灰已极，不听解释，飘然而去，宁愿留一点未了之情，彼此相忆。

卓一航长叹一声，心潮浪涌，悲从中来。数十年的情事在他心头掠过，历历往事如在眼前，有忏悔、有悲伤，有柔情密意，有伤心误会，最伤心的是往者已矣，来者又未必可追，所能做的，唯有夜夜相思长相忆，等候着优昙仙花再开的那一天。