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黑杰克,本名间黑男。从小父亲离异,留下母亲独自照顾他。某日与母亲出游,因为被父亲间影三牵扯进了了某黑暗组织的阴谋,导致母子踩中未爆炸弹引起爆炸。母亲送医后不治,他也受重伤濒临死亡。幸亏本间丈太郎医师的高明医术救活了他。当下,他立下了两个志愿:成为像本间医师一样的一流外科医师并报复杀死母亲的黑暗组织……黑杰克不仅没有行医执照,而且总是索要巨额的医疗费,使其在医学界素有恶名,然而他高超的手术技巧却无人能及。他否定传统的价值标准,只按照自己对医学的理念行事,因而被权威医学界所排斥,孤立。但他无所畏惧,在助手--小女孩皮诺可(佩佩,贝贝)的协助下,坚定地沿着自己所信仰的医学之路走下去。