1964年，纽约布朗克斯区，一位名叫布伦丹·弗林的神父（菲利普·塞默·霍夫曼饰）来到了圣尼古拉斯天主学校，一所大部分学生都来自信教已久的天主教徒家庭的教会学校。长久以来，这所学校都由修女阿洛伊修斯·贝维尔（梅丽尔·斯特里普饰）尽忠尽职地掌管，她相信纪律与恐惧的力量，并制定了严格的教条使得在这里上学的孩子能够接受良好的教育，培养虔诚的心态。但是这一切都在布伦丹·弗林神父到来后改变了。

严肃古板的阿洛伊修斯修女一直秉承严谨治学的教条，每一个孩子都必须恪守纪律，处在严密的监管之下。弗林神父则提倡以轻松的氛围来教育孩子，他的教学风格活泼，固有的一切规章制度似乎都与他格格不入，而且弗林神父还经常触犯阿洛伊修斯修女的威严。

不久，由于政治变革的影响，圣尼古拉斯天主学校接收了首位入读的黑人学生唐纳德（约瑟夫·福斯特饰）。弗林神父似乎对这个黑人小男孩总是异常关注，年轻的修女詹姆斯（艾米·亚当斯饰）无意间发现了弗林神父可能对唐纳德拥有特殊感情的一些微小迹象。当这名虔诚、单纯的修女把所见所闻与心中的怀疑都告诉了校长阿洛伊修斯后，阿洛伊修斯修女极为震怒，并开始了一场关于真相的调查。然而实际上，阿洛伊斯修女并没有找到任何证据能证明对弗林神父的指控，但她仍然坚信弗林有罪。阿洛伊修斯修女与弗林神父卷入了一场没有硝烟的战争。