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背景設定在史前一萬一千五百年前,有一個名為瓦斑的大陸沈沒了。瓦斑人於是在地底建立了他們的都市,並開始在地底生活。 直到二十世紀,古代怪獸復活,加上宇宙人入侵地球,瓦斑人的長老就派遣主角·米沙基到地面世界,亦把變身用的火焰棒交給他。 米沙基把身份轉變成古生物及地質學研究生岬大介,並加入組織SAF,以火焰超人的真身,為保護地面世界而戰。