动荡的幕末世代，敌我双方攻伐不断，此消彼长，期间更有无数豪杰高手涌现，共同书写着豪迈壮观的明治维新史。在这些人中间，维新一派的传奇剑客刽子手拔刀斋声名显赫，但是随着新时代的到来，他的身姿也仿佛隐没在历史的长河之中。

明治11年，日本东京。一名称为“刽子手拔刀斋”的男人出现在街头，他毫无理由地斩杀路人，引得人心惶惶。从先父手中继承了神谷道场的美丽女孩神谷薫（武井咲饰）不顾个人安危，鲁莽地走上街头寻找拔刀斋，危难关头，幸亏一个路过的男人将其救下。而这个男人，正是消失了已久的拔刀斋本人——绯村剑心（佐藤健饰）。自明治维新成功以来，他立下绝不再杀害一人的誓言，隐姓埋名，带着一把逆刃刀独自在各地流浪。而假冒拔刀斋之名作恶的，则是受雇于黑心实业家武田观柳（香川照之饰）的保镖鹈堂刃卫（吉川晃司饰）。武田光鲜的外表下包藏着统治世界的野心，为此他操纵女医师高荷惠（苍井优饰）制作鸦片，并用贩毒赚来的巨款四处购买武器。武田的罪恶勾当早已引起前幕府新选组成员斋藤一（江口洋介饰）、现任明治政府警官藤田五郎的注意，但是在武田有实际行动之前他无法直接插手。与此同时，武田图谋攫取神谷道场附近的土地，为此他不惜残杀当地的百姓。

在神谷道场短暂的盘桓中，剑心切实感到了周遭人们的痛苦，于是他和吵吵闹闹的相乐佐之助（青木崇高饰）联手，前往了有着250名护卫重兵把守的武田府邸