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当Alex, Marty Gloria和Melman几个主角还在非洲悠闲度日(从《马达加斯加:逃往非洲》后),四只企鹅(首领Skipper, 智囊Kowalski, 最年轻的Private和最疯狂的Rico)已经回到了纽约中央动物园,并在此地执掌管理大权。与此同时他们还要执行各种秘密任务...