这是一个魔女与人类共存的世界，为了保证魔女的身份不被揭穿，被人类发现了真实身份的魔女都会变成魔女青蛙，唯有另一个拥有正式身份的魔女才能够解开魔法。一次偶然中，一直梦想者能够成为魔女的少女春风Doremi（千叶千惠巳 配音）撞破了魔女莉卡的身份，无奈之下，莉卡只得将春风收为见习魔女。春风必须经历漫长而艰苦的修炼，通过魔女的考试才能够正式获得魔女资格。 自称为“世界上最不幸的美少女”的春风DoReMi，一直相信这世界上有魔女，并希望自己成为魔女后可以向喜欢的人（当时是五十岚学长）表白。 有一天放学时，春风DoReMi经过一间名叫“卷旗山莉卡魔法堂”的店铺。进入一探究竟时，碰巧拆穿了当时魔法堂的老板－“魔女莉卡”具有魔女身份，而导致她变成魔女青蛙。由于只有识破的人变成魔女才可让魔女莉卡恢复原貌，为了帮助魔女莉卡回复原状，DoReMi成为了见习魔女，并要在见习魔女9个级别（第9级至第1级）的考试中合格，从而取得魔女的象征──自己的水晶球，才能成为正式魔女。期间，初贵、爱子与DoReMi的妹妹宝宝，因为先后知道DoReMi是见习魔女，为了不让DoReMi也变成魔女青蛙，因此也陆续成为见习魔女。为了赚取使用魔力所需的魔法珠，所以要时常在魔法堂帮忙。期间也慢慢的参加升级试。在升级试的途中，Doremi等人获得了精灵陪伴。 之后，魔女莉卡因为和魔女天娜赌博，而输掉了魔法堂的经营权。后天娜转卖其经营权给莉卡的劲敌－魔女露卡。DoReMi三人为了抢回经营权，使尽办法，最后和露卡的魔法竞赛中获胜，夺回了魔法堂的经营权。 后来，她们三人发现遗留人间的邪恶卡（当时由魔女保管，但是由魔法师迪加大叔所偷走，因此遗落人间），此物会附在一些物品上，使其主人遇到灾祸。魔女界女王命DoReMi三人为“圣洁使者”，并利用“圣洁电脑”和作为惩罚而被关在电脑中的迪加大叔来侦查和去除遗留人间的邪恶卡。 偶像明星濑川音符，以反派的身份转学到美空小学，与DoReMi、初贵、爱子等人同班(3年2班)。其实音符也是位见习魔女，而被她揭穿身份的魔女露卡也变成了魔女青蛙。而她也常用禁忌魔法（依照规定，魔法不能用来医治疾病、起死回生、更改记忆以及改变他人思想，否则会受到惩罚，使用前两者更会被魔法反噬），但因手执魔女露卡的护身符而得以避免惩罚。 最终，四个人都通过了一级见习魔女考试，得到了水晶球，可以成为正式的魔女。但回到魔法堂时，却被同班同学和其家长见到她们作为魔女的一面。最后音符为了保护其他人不被变成魔女青蛙，用魔法消除目击者的记忆。最后虽然成功，但护身符终于因无法承受次数过多的禁忌魔法而碎裂，令音符遭到反噬，从而要沉睡百年。因此DoReMi等人最后使用禁忌魔法成功唤醒了音符，但作为惩罚，四人的魔女身份被褫夺，水晶球也被没收，同时也要交还转换器。
在迎接11年一次的庆典即将到来之前，而在充斥着兴奋及喧嚣的正十字学园町中，为了防止恶魔的入侵，驱魔师们忙着布下结界。另一方面，煺治暴走幽灵列车的燐，在执行任务的途中遇上了以少年姿态现身的幼年恶魔；失去的记忆、被解除的封印、充满谜团的过去，记忆（潘朵拉）的箱子将被开启。
这是一个魔女与人类共存的世界，为了保证魔女的身份不被揭穿，被人类发现了真实身份的魔女都会变成魔女青蛙，唯有另一个拥有正式身份的魔女才能够解开魔法。一次偶然中，一直梦想者能够成为魔女的少女春风Doremi（千叶千惠巳 配音）撞破了魔女莉卡的身份，无奈之下，莉卡只得将春风收为见习魔女。春风必须经历漫长而艰苦的修炼，通过魔女的考试才能够正式获得魔女资格。 在此之后，成熟稳重，性格文静的藤原羽月（秋谷智子 配音），精明强干活泼好动的妹尾爱子（松冈由贵 配音），傲娇跋扈但内心善良的濑川音符（宍戸留美 配音）春风的妹妹春风泡泡（大谷育江 配音）等人都因发现了春风的身份而接连成为了见习魔女。随着时间的流逝，对于女孩们来说，通过魔女考试反而成为了次要目的，最重要的是，一定要利用各自的魔法能力让人们获得幸福。
虽然前两任女王道鲁宾已唤起在人类世界的回忆，真身显露出来，但仍然被六条象征悲伤回忆的荆棘所围绕，因此仍继续沈睡。 又回去魔女幼稚园的小花，为了和升上六年级的DoReMi等人一起上学，使用魔法把自己变成一位12岁女孩。但因为魔法冲击太大导致她的水晶球无法承受而全数粉碎，不过也成功的到了人类世界，并转学到美空小学六年一班，和DoReMi与小桃子同班。因为失去了原来的水晶球，为了让小花再度成为魔女，因此就需要参加魔法升级考试，而DoReMi五人则继续以见习魔女身份从旁指导小花，如果小花通过一级考试，则她们同时也会正式恢复魔女身分。故女王凿下了自己水晶球的一部分，分成5颗水晶球给DoReMi等人(但需要在小花取回魔女身份后才会变成水晶球)。小花因此住在人类世界，并化名为“新旗山花”，不过却因为调皮的个性，常常滥用魔法，被DoReMi等人多次警告。同时魔法堂受到先前小花改变自己的魔法影响，被改变成手工艺品店。趁势利用此机会，DoReMi等人要制纺织品，重现前前任女王送给她6个孙儿的礼物，从而唤起前前任女王在人间的美好回忆，进而消除六条荆棘，令沈睡中的前前任女王苏醒。 后半期，前两任女王道鲁宾沉浸在梦中的悲伤越来越强烈，荆棘突然侵向魔女世界，魔法使界及人类世界，并发散令人哀伤和提不起劲的黑雾。同时小花也认识了魔女动物园的白色小象巴奥，在DoReMi等人的帮助下，同时小花利用“手风琴”，让小象巴奥来吸走附在人身上的哀伤黑雾（之后小象巴奥会排泄珍贵的宝珠，价值连城）。最后，6条荆棘成功被DoReMi等人解除，前前任女王也苏醒过来。之后前前任女王及全体魔女，用魔法成功把“魔女一旦被人类发现身份后，就变成魔女青蛙”的诅咒解除。 后来因为许多因素，DoReMi她们也明白了，她们的愿望不用魔法一样可以实现。六人仔细考虑之后，最后决定放弃成为魔女。六人最后把自己的水晶球合成一颗，作为给小花最后的礼物。同时女王也公开了自己在人类世界的身份…… 随着小学毕业，大家都各奔前程。DoReMi继续升上美空中学；初贵为了当小提琴家，而升往卡莲女子学院读书；爱子因父母复合而返回大阪与家人同住；音符为了当专业演员而升往另一演艺中学就读；小桃子因爸爸在日本完成工作，而返回纽约居住；小花则返回魔女世界，为了当称职的下一任女王做努力，希望未来有一天能真正完全开放人类世界和魔女世界之间的桥梁。DoReMi因为受不了朋友纷纷离开的刺激，曾在毕业典礼躲在魔法堂不肯出来，但最后在同学们诉说对DoReMi的喜爱和小花要公开魔女身分的“威胁”下，最后打开了心结，和大家一起参加毕业典礼。最后DoReMi也能够在不用魔法的协助下告白了。
