初中2年生早濑真理，是个无论做什么事都非常努力的活泼女孩。她总是很珍惜从3年前失踪的世界级科学家父亲永司那里得到的挂坠——浑仪罗盘。某次，真理在好朋友水城和花的哥哥旬的房间，发现了曾在永司的研究室见到的书（《磁石与电的发明发现物语》）。真理被打开的书里溢出的波纹包围，并穿越了时空。在浑仪罗盘所指示的时间跳跃前方，真理与各种各样的科学家相遇，与和花、旬一起追逐着行踪不明的永司的足迹。在那里，同样追逐着永司去向的实业家御影丞的动向带来了暗影。以现代围绕着永司失踪的故事为纵轴，以过去真理等人与科学家所展开的发明发现相关联的故事为横轴展开。