《飞虎2》讲述了展瀚韬（马德钟饰）所领导的飞虎队行动组A Team，经过一年的合作和锻鍊，各队员渐见成熟，合作更具默契，而面对的新挑战亦接踵而来。随著旧拍档相继离队，俞学礼（罗仲谦饰）等A Team成员摇身一变成大师兄，以身作则带领一批九十后新队员。当众下属认定瀚韬是升任总督察的最佳人选，总督察潘子龙却由刑事情报科空降成为瀚韬的上司，众队员大表诧异之馀，亦要重新适应子龙的新作风。　瀚韬的「最佳拍档」、飞虎队狙击手庄卓源（梁烈唯饰），与女友丁慧慧（苟芸慧饰）彼此认定为终身伴侣，但卓源却发现慧慧举动异常而不胜烦恼。卓源在一次行动中击毙匪徒後，若有所思，开始对开枪感犹疑，更萌生离开飞虎的想法。另一方面，一心成为女飞虎的苏文强（黄智雯饰），经过多重辛苦训练，终如愿如偿。文强与学礼日久生情，二人正欲确认彼此关系时，学礼曾保护的富家女舒子丽再度出现，成为二人感情发展的牵绊。

在一次行动中，一名飞虎队员却被指违反守则需接受聆讯。其他队员对此忿忿不平，团结一致保护犯错队友，惟瀚韬公正不阿直斥其非。众队员有感瀚韬处事固执，向来团结的A Team竟面临四分五裂的危机，瀚韬该如何化解？