公元2035年，自从世界1996年被一种致命病毒侵袭之后，剩余的少数人类就只能生活在地下，苟且偷生。科学家把一个囚犯送回到90年代，来调查该病毒跟一个病毒专家的儿子之间究竟有什么关联。该囚犯的记忆中只留下两条微弱的线索：他挥之不去的童年回忆，以及“十二只猴子”的难解记号。