铁道博物馆、京都铁道博物馆、磁悬浮·铁道馆的地下深处潜藏着特务机关“新干线超进化研究所”。该研究所为了从“漆黑新干线”所诞生的巨大怪物体手中守护日本的未来，开发了“新干线变形机器人 Shinkalion”。具备与新干线战士较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是什么？孩子们能否守护日本的未来？变形！Shinkalion！
