《名侦探柯南剧场版》是指根据漫画《名侦探柯南》改编的系列动画电影，主要讲述了因受神秘组织袭击而身体缩小的工藤新一化名江户川柯南，默默展开名推理的故事
故事发生在维斯巴尼亚王国。樱女王的儿子吉尔不幸死于猎枪走火事故。惨剧的消息一传十十传百，轰动了各国新闻界，当然，也传到了江户川柯南和鲁邦三世耳里。 新闻报道称樱女王的长女米拉王女将继承王位成为下届女王，被卷入事件的柯南带着兰来到维斯巴尼亚王国，柯南打算让兰乔装成与他长相极为相似的米拉王女，这个时候，鲁邦向维斯巴尼亚王国下达了“盗窃女王皇冠”的挑战书。于是，柯南和鲁邦各怀心思朝着维斯巴尼亚王国出发了。
高中生工藤新一和毛利兰一起来到了刚刚建成的“热带乐园”。可是，新一在那里目击了黑衣男子可疑的交易。而就在这一瞬间，被某人灌下了药物，醒来时身体已经缩小了！
江户川柯南和毛利兰、灰原哀一起来到了公共浴池。在男浴池的更衣室柯南目击到2名可疑的男子，随后，在浴场摔倒失去了意识。于是令柯南感到可疑的男子阿辰和近藤借口将柯南送到医院把他用车带走了。柯南注意到，二人是黑社会中有名的人物，正在浴池执行秘密任务。 听说柯南被送往医院的小兰和小哀在附近的医院拼命寻找，但并没有找到他。这时，小兰的手机收到了“我的伤没有大碍，不用担心。我要和认识的大哥哥去吃饭了”的邮件。这封邮件是用柯南所带的工藤新一的手机发送的。 此时，毛利小五郎的侦探事务所收到了香苗调查丈夫外遇的委托。香苗提供的照片中的前便利店的丈夫，竟然是近藤！香苗对自己的丈夫与黑社会有牵连一事毫不知情。 另一方面，在谁都不知道发号施令的幕后黑手是谁的情况下，近藤依然和同伴们一同执行任务。近藤等人的任务是引发针对某个人物的炸弹袭击。丧失记忆的柯南被近藤等人利用？！ 闯空门的专家，天才欺诈师，传说中的杀手，各种各样的犯罪者和操纵他们的神秘黑影……各种各样的人物在案件周围交错，案件背后隐藏的真相是……
