黑暗骑士的故事从小丑带着手下抢劫一家黑帮的银行开始，手下们被小丑的伎俩玩弄，开始自相残杀，最终却仍是小丑掌控全局，得到了所有的钱。一些蝙蝠侠的支持者假冒了蝙蝠侠试着帮助蝙蝠侠阻碍黑帮与稻草人之间的毒品交易，此时真的蝙蝠侠现身，而后他在战斗中因为装甲太过笨重而受了伤，让他想重新设计蝙蝠装甲。蝙蝠侠布鲁斯•韦恩、警察探长吉姆•戈登和新任的检察长哈维•丹特计划将黑帮斩草除根，这样哈维就能成为哥谭市公开的英雄，而不是像蝙蝠侠这样只能隐姓埋名，同时布鲁斯发现瑞秋在与丹特交往。
哥谭市黑帮的头目们开会讨论如何对付蝙蝠侠、戈登和丹特，华裔的黑帮会计刘先生告诉黑帮老大，他抢先在丹特所策划的扣押黑钱计划执行前，就将黑道的钱移往香港。小丑突然现身并提议用一半的黑钱来雇用他杀死蝙蝠侠，遭到黑帮拒绝，于是小丑开始逐渐渗透黑帮，控制了一些黑帮的手下。
当蝙蝠侠顺利抓住逃回香港的刘并转交给高登后，黑帮不得不同意雇佣小丑杀死蝙蝠侠。小丑接受雇佣之后，利用一个蝙蝠侠模仿者向整个哥谭市宣布，只要蝙蝠侠一天不自首，往后每天都会有人死亡。
随后小丑接连暗杀了警察局长、法庭法官，在小丑杀死第五个人时，布鲁斯不忍再让小丑滥杀无辜，决定自首。但是在他自首前，丹特却抢先宣称自己就是蝙蝠侠，希望借此引出小丑。小丑中计，现身想劫持押送丹特的卡车，却被高登和蝙蝠侠阻止，并被逮捕。
蝙蝠侠开始审问小丑，小丑透露瑞秋和丹特已被带到城市的两端，并放置了两个遥控炸弹，之间的距离让蝙蝠侠无法将他们同时救走。蝙蝠侠立即出发去救瑞秋，同时高登和警察去救丹特。但小丑故意将瑞秋与丹特的位置说反，让两人救的对象也正好相反。
通过炸弹的掩护，小丑和刘先生顺利逃出警局。蝙蝠侠及时救到丹特，但丹特被火烧掉了左半张脸，被送往医院。高登却不比蝙蝠侠的速度，没能救到瑞秋，让她在爆炸中身亡。丹特因瑞秋的死陷入疯狂。此时小丑来到医院释放了丹特，并说服他必须向警察、黑帮、高登和蝙蝠侠复仇，丹特成为了双面人。
当哈维一一质问并用硬币决定贪污警察和帮派份子的生死时，小丑把一半黑帮的钱和刘先生一起烧掉，并再次向众人宣布他将会统治街道，留在高谭市的市民在夜晚来临时都将受他统治。桥和隧道因为小丑的炸弹威胁而封锁，政府开始以渡轮撤离民众。但是小丑已事先在两艘渡轮上放了炸弹，一艘载着普通民众，另一艘载着囚犯，并告诉两边的乘客，自救的方法就是先用他准备的引爆器，引爆另一艘船只。否则，两艘船都会在午夜时被遥控炸毁。蝙蝠侠锁定了小丑的位置并阻止他炸毁船只。小丑被打倒后，了解蝙蝠侠是不可能堕落腐败的，丹特却不是。
于是小丑放出了自己最后的一张牌—他已经将丹特的愤怒释放出来。蝙蝠侠发现丹特绑架了高登和他的家人，带到了瑞秋死亡的大楼残骸。丹特开始用掷硬币来决定他自己、蝙蝠侠和高登儿子的生死。丹特朝蝙蝠侠的腹部开了一枪。就在丹特决定小男孩的生死前，蝙蝠侠扑倒了丹特，两人同时坠楼，丹特死在了地上。
蝙蝠侠和高登知道若哈维谋杀警察等5人的事传出去，会让城市混乱且道德沦陷，而这就是小丑的最大目的。蝙蝠侠说服高登，蝙蝠侠自己扛下这些罪名，以维持哈维的英雄形象。
