充满了日本风情的偏僻乡村——霞高原町，俗称“霞之里”。在村里有两所极其特殊的忍者院。
一天，有一男一女来到了这个村子，男的是为了逃债而来到“私立志能备学园”当老师的万里小路隼人，可是他并不知道这是一所忍者学校，而另一个就是故事主角，为了自己憧憬的女忍者生活与仰慕的忍者老师“市川电藏”而来的可爱女孩子日向向日葵。向日葵转校的第一天，遇上了新上任的万里小路隼人老师，产生了一见钟情的感觉，于是向日葵就把他当成了自己的真命天子。
日向向日葵小时候，因为一场飞机意外差点失去生命，幸好得到一个神秘的黑衣忍者相助，最后终于逃过了这场灾难。虽然向日葵不知道这个黑衣忍者的真正身份，但他却成为了自己的奋斗目标，从此小葵就一直梦想自己能成为一个出色的忍者。当她15岁的时候，终于有机会转校到私立智能备学园，在这所专门培育精英女忍者的学校里。但是这学校的学生都是来自全国各地的优等生，就只有向日葵是最普通平凡的一个，其他人都是从小就被当作是女忍者来养育成人，而小葵从出生至今都只是过着平凡人的生活，作为忍者必须懂的基础忍术都是自己透过自学而懂的。这个平日最爱看忍者电影的少女，面上总挂着愉快笑容，虽然她有要成为优秀忍者的强烈决心，但是面对学校那么严格的训练她又能否挺得过去呢？
私立志能备学园介绍
故事舞台设在日本一条名为“霞之里”的宁静小村庄里，那里远离人烟，但却有一所女校在这里。原来这所学校叫“私立志能备学园”，是一所负责女忍者训练的精英学院，是全日本,甚至全世界唯一一所的女忍者训练学校。而其实在“霞之里”生活的居民中很多都是这所学校的毕业生，学院中的学生大多为被赋予高智商高天分的有极其优秀基因的试管婴儿，所以都拥有极其高的天分。事实上从这里毕业的忍者，进入社会后都会当上保护重要人物或替国家和机构进行各种调查和探取情报的间谍工作，可说是一种既刺激又好玩又有前途的职业。
但此学校只是女忍学校，与霞之里的另一所男忍学校关系不好，且不允许学生恋爱，不准和男忍接触，违反的人将被赶出学院。
