继上一集剧情，《生化危机：战神再生》以爱丽丝在东京为开场，有着超人类特异功能以及带领着她自己的克隆人军团，爱丽丝终于面对面的对抗了她命运中的宿敌：保护伞公司CEO阿尔伯特·威斯克。与威斯克的对决令她失去了所有的特殊能力与军团。爱丽丝开着双人座飞机飞去了阿拉斯加的荒芜之地，踏上了寻找世界上唯一一块儿没有被T病毒影响的世外桃源：阿卡迪亚。
但是阿卡迪亚也并不若想像中那么简单纯洁的地方。唯一一个生命迹象的来源来自于她的老战友克莱尔。但是因为种种原因，克莱尔陷入了失忆当中。克莱尔，爱丽丝为了寻找答案来到了一片狼籍的洛杉矶。她在那里找到了为数不多的幸存者。从那些幸存者那听说了阿卡迪亚也许没有想像中的那么远，当然，也没有想像中的那么和平。
随着克莱尔慢慢的恢复了她的战斗力和记忆，爱丽丝带领着她的伙伴们前往一个前所未有的救援行动。并通过这次的行动发现了所有人都始料未及的惊天大阴谋。
